5-летний Сосукэ вместе со своей мамой живет на берегу океана. В один день он спасает красивую золотую рыбку и называет ее Поньо. Она оказывается не простой рыбкой, а дочерью могущественного колдуна и морской богини. Поньо использует магию своего отца, чтобы превратиться в девочку, и дети быстро привязываются друг к другу. Однако использование такого могущественного колдовства нарушает равновесие во Вселенной. Поньо и Сосукэ отправляются в приключение всей своей жизни, чтобы спасти мир и осуществить главную мечту рыбки — стать человеком